Final Fantasy IX évolue dans un monde appelé Héra, qui est divisé en 4 nations dominantes. Le voleur Djidane Tribal vient du royaume paisible de Linblum, dirigé par Cid. Cid décide d'engager le groupe de bandits de Djidane pour kidnapper la jeune Princesse Grenat, du royaume voisin d'Alexandrie, à cause de l'attaque qu'avait ordonnée la Reine sur les villages alentours. Bizarrement, Grenat, réalisant les erreurs de sa mère, se joint à Djidane, accompagnée de son fidèle garde du corps, Adelbert Steiner. Bibi fait son apparition lorsqu'il est envoyé, accompagné d'autre mages noirs, par la Reine Branet...